單位預算會計通過預算收入、預算支出和預算結余三個要素，全面反映單位預算收支執行情況。預算會計恒等式為“預算收入－預算支出＝預算結余”。單位預算會計采用收付實現制。
為了保證單位預算會計要素單獨循環，在日常核算時，單位應當設置“資金結存”科目，核算納入部門預算管理的資金的流入、流出、調整和滾存等情況。根據資金支付方式及資金形態，“資金結存”科目應設置“零余額賬戶用款額度”、“貨幣資金”、“財政應返還額度”三個明細科目。年末預算收支結轉后“資金結存”科目借方余額與預算結轉結余科目貸方余額相等。
（二）單位財務會計
單位財務會計通過資產、負債、凈資產、收入、費用五個要素，全面反映單位財務狀況、運行情況和現金流量情況。反映單位財務狀況的等式為“資產－負債＝凈資產”會計核算原則，反映運行情況的等式為“收入－費用＝本期盈余”，本期盈余經分配后最終轉入凈資產（累計盈余）。財務會計實行權責發生制。
單位對于納入部門預算管理的現金收支業務會計核算原則，在采用財務會計核算的同時應當進行預算會計核算；對于其他業務，僅需進行財務會計核算。
對于單位受托代理的現金以及應上繳財政的現金所涉及的收支業務，僅需要進行財務會計處理，不需要進行預算會計處理。
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