1、包含范圍不同
在建工程包括固定資產發生的日常修理費、大修理費用、更新改造支出、房屋的裝修費用等。
而開辦費包括法律費用、發起人費用以及取得執照的費用，投資各方為籌建企業進行了調查、洽談發生的差旅費、咨詢費、招待費等支出。
2、核算方法不同
在建工程與承包企業辦理工程價款結算時，按補付的工程款，借記本科目，貸記“銀行存款”、“應付賬款”等科目。
而開辦費對費用內容應設置明細賬，進行明細核算，正確歸集。嚴禁將應當由本期負擔的借款利息、租金等費用和應當計入固定資產價值的費用計入開辦費用。
3、認股權證和股份期權不同
貸款余額等的行權價格低于當期普通股平均市場價格時，應當考慮其稀釋性。 計算統賬結合，作為分子的凈利潤金額不變；
而待收金額的調整項目為按照本準則第十條中規定的公式所計算的增加的普通股股數，同時還應考慮時間權數。 當期發行認股權證或股份期權的，普通股平均市場價格應當自認股權證或股份期權的發行日起計算。
參考資料來源：
開辦費包括籌建期人員工資、辦公費、培訓費、差旅費、印花稅、注冊登記費、經投資人確認由企業負擔的進行可行性研究所發生的費用、其他與籌建有關的費用。開辦費是指企業在籌建期間發生的費用。
【法律依據】
《中華人民共和國印花稅暫行條例》第三條
納稅人根據應納稅憑證的性質，分別按比例稅率或者按件定額計算應納稅額。具體稅率、稅額的確定，依照本條例所附《印花稅稅目稅率表》執行。
應納稅額不足1角的，免納印花稅。
應納稅額在1角以上的，其稅額尾數不滿5分的不計，滿5分的按1角計算繳納。
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